数十年来，伊利始终致力于生产安全、健康的乳制品，在原奶质检监测、乳品加工、物流配送等各环节运用顶尖的精密仪器和科技手段，确保产品的安全。 作为国内乳品企业的领军企业，伊利拥有目前国内最完整、最丰富的产品线，在奶源建设、产品生产、物流配送等方面都建立了系统化、标准化的管理模式。首先，为了确保大量不同规模的牧场和全国上百家工厂产品品质的统一安全，伊利在内部特别出台了《奶牛饲养管理统一规范》、《液体乳加工标准化手册》、《奶粉加工标准化手册》、《冷饮加工标准化手册》等多个统一管理制度及定期定向的日常监督机制。为了确保监督的落实到位，伊利集团还特别成立了监察部门，定期向集团总部呈交各事业部、分工厂的管理巡视报告，确保各分工厂、各地牧场在生产管理上的合格无误。 
另外，伊利集团在我国乳品行业内最早推行全过程、全方位、全员的“三全”质量管理体系，对生产过程实施严格的技术监控。一方面，伊利启动ISO9001质量管理体系、ISO14001环境管理体系以及OHSAS18001职业健康安全管理体系，确保产品品质。另一方面，通过采用国际最先进的“危害分析与关键控制点体系（HACCP）”控制体系，伊利进行了全产品、全产业链的危害评估分析（危害分析涵盖物理、化学、生物等多个方面），每年就关键控制点的设定进行动态的评估。 在此基础上，伊利集团不断提升产品标准化水平。现在，伊利针对原料奶的检测达到了117项；涵盖原辅材料、包装材料检验检测达到了899项，远超国家现行标准。与此同时，伊利集团已经实现了物流输送全程的GPS跟踪及产品全称的可追溯。每一包伊利产品都可以通过包装上的条形码追溯其奶源及生产加工环节的所有细节，以此确保伊利产品的100%健康合格。
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